Selat Makassar merupakan selat yang terletak di antara pulau Kalimantan dan Sulawesi di Indonesia. Selat ini juga menghubungkan Laut Sulawesi di bagian utara dengan Laut Jawa yang ada di bagian selatan. Selat Makassar termasuk kategori laut dalam dan merupakan salah satu Alur Laut Kepulauan Indonesia.
