Sejak dipisahkannya POLRI dari ABRI per 1 April1999, istilah "Panglima ABRI" pun diganti menjadi "Panglima TNI".
Presiden Megawati Soekarnoputri menjelang akhir jabatan, tepatnya pada 8 Oktober2004, dalam suratnya kepada DPR mengajukan Jenderal Ryamizard Ryacudu sebagai calon Panglima TNI menggantikan posisi Jenderal Endriartono Sutarto yang surat pengunduran dirinya telah disetujui. Namun Presiden Susilo Bambang Yudhoyono yang menggantikan Megawati bulan berikutnya, hanya sepekan setelah dilantik, mengirim surat ke DPR yang intinya mencabut surat pengajuan Presiden sebelumnya. Presiden Susilo Bambang Yudhoyono tak lama kemudian juga memperpanjang masa jabatan Panglima TNI Jenderal Endriartono Sutarto.
